秦毓钧，字祖同，号平甫，别号一鸣，生于无锡县城内小娄巷。秦毓钧的祖父秦焕，廪贡生，官句容县学训导，著有《水竹轩诗文集》、《游梁录》、《句曲公余录》。父亲秦坤培，因家贫无力读书，游幕河南、浙江，以此谋生，曾在新郑、桐柏、临漳、南阳等县及杭州、湖州等府官衙任幕僚。秦坤培去世时，秦毓钧只有15岁。祖父秦焕即指定第四子秦复培负责教读秦毓钧。秦复培是优廪生，邑中名师，精通经史，著有《礼记章节》、《读左义法》、《历代地理今译》。秦毓钧在四叔的悉心教读之下，自己也努力学习，经史古文词章及目录掌故之学，无不博览精究。后在东林书院当月课生，每届课期，领卷作文，常常一题作二文，成绩名列前茅。领得膏火以佐家用。一些故家巨室，纷纷延聘秦毓钧为家庭教师课读子侄。光绪二十四年（1898），秦毓钧正取岁试成为东林书院正式学生。第二年科试，为一等第二名，调赴南菁书院肄业，补增生遗缺。第三年，选拔入专斋二班学习。第四年，科试为一等第七名。同年八月，秦毓钧与侯鸿鉴、顾述之同赴日本留学。经补习日文后，于1903年正月进宏文学院速成师范学习，到12月毕业回国。

秦毓钧在日本留学期间，与无锡籍留日学生侯鸿鉴、从弟秦毓鎏等参观大阪博览会。发现我国福建省产品置于台湾馆内，当时台湾已成日本殖民地，暴露了日本视福建为其领土的野心。经与主办人交涉，迫使将福建产品从台湾馆移出，置入四川馆内展出。

光绪三十年（1904）二月，秦毓钧受山东候补道员朱钟祺之聘，至济南筹备高等学堂，兼任公立小学堂师范教习。半年后，转任江苏松江府青浦县中学堂史地教习。任职一年多后，秦毓钧从松江回锡，筹备成立锡金公立师范。

光绪三十二年（1906），锡金公立师范学校正式开学，蔡文森任校长，秦毓钧负责教务，讲授教育学、伦理学。该校为无锡最早的公办师范学校。这一年，秦毓钧又协助秦谦培及秦宝瓒等将秦氏书塾改办秦氏公学，以补公立学校之不足。

光绪三十四年（1908），秦毓钧应张蕴和之招，进上海任申报主笔。申报为清末和民国期间中国第一大报，销数最多，为舆论界影响最大的报纸。秦毓钧任职四年间，所作短评，据事直书，反映实况，指陈得失，颇负盛誉。

民国成立，1912年秦毓钧应江浙联军总司令徐绍桢之请，至南京编纂战史，徐氏及留日同学黄兴等想请他在总统府任职，秦毓钧不愿为官，婉言辞谢，离南京回到上海，受狄平子之聘，入时报任主笔。因袁世凯倒行逆施，阴谋复辟帝制，无言论自由，愤而辞职。转而进中华书局，参与欧阳溥存等编纂《中华大字典》，此字典收单个汉字48000多个，是当时字典收单字最多的一种，解释字义简明扼要，并校正了《康熙字典》的错误2000多条，对我国古代历史、文学、哲学、语言等的教学研究，均有一定参考价值。在现代，该字典仍多次再版，供学者使用。完成字典编纂后，秦毓钧即任上海《亚洲日报》主笔，数月后，改入中国图书公司任编辑。在上海工作期间，秦毓钧编写了《东三省、新疆府厅州县志》四卷、《教育学》等书。

1918年始，秦毓钧回到无锡，息影家园，广搜地方文献资料，从事著述，对邑中地方文献多有收获。1920年，秦毓钧受蒋哲卿之聘，出任锡报总编辑。秦任职期间，坚持新闻自由，舆论公正，不畏强暴，揭露时弊。他文思敏捷，每日撰写短评两篇，一为时评，一为邑评，虽寥寥数语，而洞察社会阴暗面，由于敢于说话，很受读者欢迎。又经常以“乙厂”笔名，撰写地方历史掌故，增加副刊的可读性，趣味性。1922年1月，无锡绅士薛南溟任市正董，其次子薛汇东为袁世凯女婿，至懋纶绸庄选购衣料，对店员张鹤年“始则严词诘问，续复施以一掌，且以玻璃上之水烟掷去”，引起冲突。薛汇东及其兄薛育津拜会县知事，要求拘捕该店经理到案严办。秦毓钧即在锡报上刊载《异哉市正董之子》、《我之爱人谈》、《吾忆》三篇邑评批评薛公子，告诫薛南溟，讽刺县知事。当时另一张报纸新无锡报，社长兼主笔杨楚孙，也连写三篇短评，与锡报针锋相对，指责商界。1925年1月，锡报改组，秦毓钧脱离报社，即于同年6月独立创办无锡新闻报。该报以“彰一邑之公是公非”为办报宗旨，秦任社长兼主笔。从此，无锡地方有了锡报、新无锡报、无锡新闻三家日报，竞争相当激烈。无锡新闻在新闻三家日报，竞争相当激烈。无锡新闻在新闻报道方面面目一新，消息真实快捷，短评仍有秦毓钧执笔，持论公正，无偏无私，受到读者喜爱，报纸销量逐渐上升。因无锡新闻不避权贵，该说就说，不留面子，更不趋炎附势，当然受到权力者的嫉恨。

1925年9月10日，无锡新闻登载《做鬼戏》一文，痛骂无锡县国民议会的初选。秦邦宪读后赞扬它说的痛快。新任无锡县知事杨天骥，到任后即拜访地方绅士，极意联络。杨对新闻界发表谈话，“以后对于地方一切事务拟分成十成，以五成为地方人士谋幸福，以三成为县知事留余地，以免办事困难。以二成为省政府稍留面子，勿事操切，以免隔阂。”秦毓钧即以“新知事之十成宝训”为题，写了短评。当时的《无锡评论》特全文介绍，称誉秦毓钧“究属吾邑读破万卷之博学君子，二十年前之老马记者，以故不失长者仁厚之风，深知二十年阅历况味，而举本乎人情，行乎君子成人之美。我最不忍释手，爱读其文。”“妙哉老记者之阳秋评解。”

秦毓钧秉新闻自由之宗旨，不计后果，新闻报道秉笔直书，触犯恶势力也在所不惜。1925年11月7日登载《西区商团殴辱商民记》新闻一条。其他两家报纸与商团早有勾结，不予报道。商团200余人，持枪深夜将报馆捣毁。此事震动全县，锡社、孤星社成员十分愤怒，在《无锡评论》上严正指斥商团犯法行为，支持秦毓钧。事后商团会长杨翰西不得不出面公开登报道歉，上门道歉，赔偿损失。尽管如此，地方黑暗势力，频频施害，施加压力，要坚持正义，必然危及报社生存，在这种情况下，不愿与恶势力同流合污，就只能停办报纸。这件事不久，秦毓钧只得将报纸停办，退出了新闻界。自办报纸，其生命仅有半年。秦毓钧从任申报主笔至退出新闻界从事此业达17年，但旧中国社会的黑暗，新闻自由成了一句空话。秦毓钧从此再也未涉足新闻事业。

秦毓钧关心乡邦，敢于坚持正义。寄畅园为明代无锡名园，虽经粤匪烧毁，但泉石花木，假山池沼，石桥土冈，仍然幽雅不减，园中碑刻亭廊，尚有遗存，全园轮廓尚存。不料族中个别不肖之徒，迷恋市利，居然于1921年拟与商人签约，出租而改建游乐场。此事族长也管顾不周。秦毓钧不顾族长尊严，首先反对，以致其事不成，五百年秦园得以保留其古貌古地，为后人保护了宝贵的文化遗产。该园今天已成为国家级文保单位。

秦毓钧对故乡河道水利素有研究，曾下过一番功夫。1921年江浙水利联合会金天翮与无锡胡雨人在治水问题发生激烈争论，督办王丹揆偏向金天翮。秦毓钧即指出王金二人的驳词都“不足以折服胡子”以“旧闻所及，自陈一家之言”，写《东吴一勺谈》，刊载《锡报》，1923年12月，无锡县水利研究会组织审查会，秦毓钧起草细则。秦和胡雨人等13人被推为干事和审查员。秦和胡经常实地勘察河道，研究水流走向。1924年7月，秦毓钧发表提案，指出“全县水利根本计划，应从测量入手”，胡表示“此案极为重要，可将各河道测量后，凑成无锡全县水道图。”并议决疏浚闾江口，整理西门外护城河，改建西门桥和显应桥，以畅水流，逐步由水利局负责实施。在改建西门桥时，胡雨人、秦毓钧、钱孙卿等同意将桥洞从2.2丈拓宽至6.5丈，与河身宽度相等，保证水流畅通。后由于薛南溟坚持以“此项水利与无锡市境内无关系”为由而加阻挠，后又为了保留邵姓高姓房屋、仅建成4.3丈宽的桥洞，以致发生旱灾时，北乡河道干涸，禾苗枯萎，收成减少。1926年5月，改建显应桥工程动工时，有个曾任无锡县警察所长的宋某，特从山东致函水利研究会主任钱孙卿，主张在显应桥建水闸。秦毓钧闻讯后即致函水利工程局主任杨翰西、研究会主任钱孙卿说：“水性宜通不宜塞，宜顺其自然，不宜曲防横遏，此实治水不易之通则，自西门有显应坝之设，降水而东，似仅仅为城中饮料计，于交通有妨，于农田则更有害而无一利。今幸公理渐彰，障碍撤除，宋某何人，忽自远道腾其如簧之舌，以北乡水利为借口，殊不知北乡水利在闾江，不在显应桥。”显应桥筑坝，历史上曾为邑中一大讼案，开坝放流，已成共识。宋某蹈旧时之陈案，谰言搅局，乃无耻小人。

1925年8月，秦毓钧接任无锡县立图书馆馆长，留心邑中文献，热心乡邦文献，编校参订乡贤著作，颇费苦心，甚有劳绩。在任期间明确表示“为表彰散佚乡哲遗书，零篇断简，或为人间孤本，或且并未刻本而钞本流传者，尤宜广为搜罗。”他任职4年，征集到不少乡贤著作。

1926年，秦毓钧出版了前任馆长严尧钦所编《无锡县立图书馆目录》，共5册，铅印出版。接着又编《巡回文库书目》，油印分送各界。1927年，编印《乡贤书续目》。1928年又将建馆以来大事辑成《县图书馆历年概况》一册出版。这一年秋，将乡贤著作《乐阜山房诗集》及《邵文庄公年谱》校阅一过付印。秦为保存文献，倡导学术，把县立图书馆所藏之明版、精刻本、孤本、旧抄本、稀见之本另作善本书库，提存一处，妥为保存。1929年出版了《无锡县立图书馆善本书目》，并亲自写了序言。充分表现了作为图书馆馆长的远见卓识及专业水准。该书出版后不久，秦毓钧即辞去馆长之职。与辞职有关之事，同年，无锡重修地方志，秦被推为常委，担任编写之职。秦毓钧长于文字，娴于掌故，为人所重，任此编写，允宜得当。后因国民党二区党部旧宪而新贵者，百计迫害，则编写之任与馆长之职并罢矣。修志之事亦中途沮谢。

秦毓钧辞职后专心于乡邦文献，家族著作之编纂。编碧山吟社创始人秦旭、凤谷行窝创建人秦金、寄畅园主秦瀚三人的诗集为《秦氏三府君集》，诗后缀以列传、墓志、行状等材料。此三人原来都有诗集，但后皆失传，赖此辑本刊刻传世。1930年秦毓钧又将历时12年而收集的秦氏家族123人的490篇古文，编成《锡山秦氏文钞》12卷，印行传世。此书不仅是无锡秦氏家族的文献汇编，亦且为地方掌故文献之宝库。1931年秦毓钧校勘完成《高子遗书节抄》及钱泳《锡山补志》，并刊印成书。1932年8月，秦毓钧出任无锡县历史博物馆馆长，锐意整顿馆务，建立现代意义上的历史博物馆，并修葺博物馆所在的孔庙照墙。1933年秦毓钧积极赞助侯学愈重刊秦瀛《小岘山人文集》印费，又亲自校勘。这一年秦毓钧写成《寄畅园考》，虽未刊印，但为寄畅园的掌故留下了宝贵资料。1937年底，无锡沦陷于日寇，秦毓钧闭门谢客，生活虽清苦而气节不改。嗣患中风，贫病交迫中，于1942年8月去世。

秦毓钧故居今尚存于小娄巷50号、52号之秦焕故宅，其中福寿堂建于光绪年间，堂匾尚在。另有小园，园有明代古井栏及百年牡丹，备弄通福田巷。