杨时在弓河旁创立的东林书院，至南宋建炎初，杨时离开后，书院活动也停止了。二百年后，有僧人于此建东林庵。弘治《无锡县志》记道：“东林庵在箬叶巷，东临弓河，元至正十年僧秋谭即宋杨龟山讲道遗址创建。”《东林列传》称顾宪成、高攀龙得杨时东林祠遗址于东林庵旁，辟为东林书院，大会吴越之士，讲学其中。《锡山景物略》把东林庵作为名胜记录。自晚明及至清末，东林书院、东林庵、道南祠并存毗连，直至雍正六年（1728），东林庵的一部分被改为芙蓉山社学。

元至正十年（1350）秋谭和尚建东林庵后，里人朱子华施舍一大块地给庵里，颇具规模。洪武初，有中峰禅师者，视富贵如粪土，独以扁舟一叶，往来湖海间，“友白鸥而乐云水，人皆慕之”，翰林冯海粟作咏梅绝句一百首，出示中峰，仅过了一天，中峰就和了一百首，不但如此，还以梅花为题作了一百首律诗。时有邑人王达住在东林庵里，住持实公将中峰的百首咏梅律诗拿出给王达，王达即就灯下，磨墨伸纸，依韵和之，待百首写成，“不觉漏已报尽，月堕于水声林影之外矣”。这就是文坛艳称的“东林庵一夕成梅花百咏”。实公拿到诗后遍示名公巨卿，不少人写了题跋。实公又要将诗刻印出来，请王达写序。王达在序中说：“思古人不可见，故托梅花以寓其情。惟梅花摧折而不挫，芬芳而不嫭，自似古人澹泊而能守者，古今推重，盖在于此。”今存王化醇辑王达《和中峰和尚梅花百咏》一卷，有明万历刻本、乾隆二十二年（1757）刻本、光绪十三年（1887）活字印本流传，试举其中一首，诗曰：“古今知己只神交，转觉年来气味真。素帔染云忘世者，青丝络酒看花人。疏帘卷起青霄月，孤笛吹寒玉帐尘。折向胆瓶斜插处，蔼如和气欲生春。”王达（？－1407），字达善，号耐轩，又号天游道者。洪武中举明经，为本县训导。迁大同府学，入南京国子监助教。永乐初擢翰林院编修，与修《洪武实录》。进侍读学士，充《永乐大典》编纂总裁。著作繁富，今存者有《景仰撮书》、《笔畴》、《椒宫旧事》、《王天游集》、《王学士集》、《耐轩词》等。王达此事，也是东林庵有名的掌故，秦瀛有竹枝词咏道：“城东风雪噪昏鸦，学士吟成月已斜。一片冷香应入梦，绿萝庵又放梅花。”诗后小注曰：“王学士达，尝和中峰和尚梅花百咏于东林庵，一夕而成。俗谚又有‘绿萝庵里看梅花’之语。庵在城东，距东林咫尺耳。”这说明东林庵在乾隆时还在，只不过绿萝庵在明末即已废败，“荡然成墟”。当时人已把东林庵和绿萝庵混为一谈了。

东林庵，成化年间有僧人信谅、广禄、明恩增修。嘉靖年间正殿失火，僧人广禄募化修复，但不及原殿精美。时知县郑公“好古尚友，曾奉龟山木主，俎豆其间”，后来觉得杨时神主放在庵里总有点不妥，于是移置孔庙旁崇正书院。后来东林庵逐渐破旧，苏州僧人日东前来住持，又经募修，佛殿佛像，装饰一新，并新建方丈室、香积厨等。状元孙继皋就住在东林庵附近，不过百步之遥，一日到庵游玩，住持就请他写了《重修东林庵记》。东林庵在万历年间香火最盛，庵内的弥勒殿、世尊殿、观音殿，都很精巧幽雅。庵门对弓河，河边古木成阴，临水建有轮藏殿、祖师殿，“绿阴清昼，益使人低徊不忍去”。后来庵里又种了不少桃树，春天邑中士女踏青，沿城墙而来，到庵即赏看桃花。东林庵晚清时仍是邑中一大名胜。秦琦竹枝词云：“东林禅院夕阳过，古木萧森傍水多。百首梅花吟咏地，夜深时有榜人歌。”锡城沦陷于太平军时，东林庵与城同焚，从此湮没。今道南祠之北，建有仿东林庵房屋一所，隙地种了不少桃树，每年春天，桃花烂漫，约略也有旧时胜概。