自从杨时离开无锡后，东林书院也就渐渐废败了。明正德年间邵宝建二泉书院，首开无锡讲学之风，又在城南复建东林书院 ，《忆东林精舍寄示华生云》诗曰：“东林寺里旧书堂，三十年来野草荒。百啭未忘初鸟韵，一株犹剩晚柑香。山怀龙阜神俱远，水问梅村脉故长。寄语云生为磨石，客中新记已成章。”重建东林书院一直是无锡人的愿望，但一直未能实现，这是有历史背景的。明洪武元年（1368），朱元璋就下令“改天下山长为训导，书院田皆令入官”，既将书院降级，又断绝书院的经济来源。五年（1372），朱元璋对书院采取进一步的禁绝措施，“革罢训导，弟子员归于邑学，书院因以不治，而祀亦废”。他的祖宗之法，使得“诸旧书院以不隶于官”而“皆荡然靡存”。至万历七年（1579），张居正毁天下书院，当时全国“凡先后毁应天等府书院六十四处”。张居正死后，讲学之风重起。

直到万历三十一年（1603），常州知府欧阳东凤将敕毁的龙城书院原址赎回，改为先贤祠，在祠左右增建经正堂和传是楼，与地方同人聚众讲学，实际书院已被恢复，只是不以书院为名。与此前后，刘元珍在常州倡同善会，高攀龙“偕四郡同志会讲于乐志堂”，无锡又另有惜阴社等。恢复重建东林书院的是顾宪成，顾宪成（1550－1612），无锡张泾人，字叔时，号泾阳，学者称泾阳先生。万历八年（1580）进士，授户部主事，十五年（1587）任吏部稽勋司，以言事谪官湖南桂阳州判官，累官考功司员外郎、文选司郎中。二十二年（1594）以廷推阁臣事，忤万历帝朱翊钧意，削职为民。顾宪成回到无锡，居家讲学，名贤士子慕名负笈泾里，争相求教，一时盛况空前，当时受教者中后来显名的有缪昌期、马世奇、钱士昇、钱谦益等。自万历二十六年（1598）起，顾宪成还经常与苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等吴中诸同人会于惠山天下第二泉畔，一道讲论研讨，互相辨微析异，共同阐明理学，人称“龙山胜会，不减鹿洞、鹅湖”。顾宪成认为，“我吴尽多君子，若能联属为一，相牵相引，接天地之善脉于无穷，岂非大胜事哉”。且认为“有一乡之精神，则能通乎一乡；有一国之精神，则能通乎一国；有天下之精神，则能通乎天下；有万世之精神，则能通乎万世”。他一心想广泛联系同志，同时很想创立一个固定的讲所，他曾对高攀龙说了：“日月逝矣，百工居肆以成事，吾曹可无讲习之所乎！”在常州知府欧阳东凤、无锡知县林宰及邻近府县官员的支持下，万历三十二年（1604）经官府批准在杨时讲学旧址重建东林书院，四月十一日动工，九月九日告竣，共用银一千二百多两。十月初九、初十、十一三天举行盛大的开讲仪式。

东林书院的“为学之序”凡五项，即博学之、审问之、慎思之、明辨之、笃行之，简而言之，就是学的结果总归于行动。另外又有“饬四要”、“破二惑”、“崇九益”、“屏九损”等，总的说就要学者遵循朱熹所订的庐山白鹿洞学规要旨，胸怀大志，诚意从学，破除世人鄙视讲学的陈旧观念，做到言讲与力行一致起来，使讲学不图科名，而为国家社会培育人才，并广泛联系同志，互相探讨，达到增加见闻、整肃风习的目的。重建的东林书院，一开始就明确以天下大治为己任。《东林会约》以“远崇孔孟，近崇程朱，卫道救时”为宗旨。会约规定每年一大会，每月一小会，每会做好记录，检查勤惰，以便日后对照，这就将原来士绅的分散游学形式，变为集中固定的有组织的讲学活动。东林讲学反对空谈，标榜气节，讲求品德，崇尚务实精神，对扭转晚明颓败的社会风气起了积极作用。东林学说传扬宋代程颢、程颐、朱熹一派理学，成为儒学正宗，影响遍海内。在明代学术史上形成的东林学派，成为后世“经世致用”之学的开端。总的看来，东林讲学的成就不但在学术方面，更在于号召人们究心时事，为国尽力，顾宪成撰联曰：“风声，雨声，读书声，声声入耳；家事，国事，天下事，事事在心。”就表达了这一思想。

东林学说从主观唯心出发，加强了参与者的品德意识，这是与当时社会所提倡的政治品质合而为一的，形成东林精神的突出优点。东林党人在后来的黑暗政治的残害下，面对腥风血雨毫不退缩，面对荣华富贵毫不欣羡，面对君臣大义、民族大义牢牢把握自己的政治定位毫不动摇，这就是东林精神之所以流芳百世的根本原因。

东林书院紧靠在道南祠西面，门前不远即是七箭河。大门始建于万历三十二年（1604），计三楹，有“东林书院”匾，今存者为1994年建，旧有联曰：“此日今还再，当年道果南。”今由钱伟长重书。进门后即是石坊，重建书院时构，原题“观海来游”、“洛闽中枢”额，天启六年（1626）与书院同毁。清康熙间建木坊，不久木坊改为坊屋三间。乾隆五年（1740）重构石坊，为三间四柱五楼式，改题“东林旧迹”、“后学津梁”额。重建书院时内有月河，在道南祠及东林精舍门前，长六十米，呈半月形，河上架桥。今在发掘月河基础上仅在东林精舍前凿方池，称泮池，上架拱形小桥，借学宫前泮池而名之。过泮池即为书院内大门，即仪门，重建书院时建，崇祯二年（1629）吴桂森重建，并题“东林精舍”额，今存“东林精舍”、“洛闽中枢”砖雕门额均系清乾隆初年遗物。过仪门即是丽泽堂，为东林讲学会众行礼之所，堂名由顾宪成所拟，取义于《周易》，意谓朋友间相互切磋问学。天启六年（1626）被拆毁，崇祯二年（1629）由吴桂森重建。丽泽堂后是依庸堂，取《周易》“庸之一字，义包玄邈”，含义比较宽泛，有恒久、坚韧、适中、平和等义，它是讲求理学之人的行为准则，“守性不失者，有庸可依，反身而诚者也”，当年东林讲学主要在此，所以它也是被阉党首先拆除的建筑，过六十多年才由学宪官带头捐银得以复建，这时已是清康熙年间了。有人说：“脚迹得入依庸堂，人生一大幸。”今堂壁间仍嵌有常州知府欧阳东凤的《重建东林书院记》和邹元标的《依庸堂记》，都是明代原刻石碑。东林讲学行礼时首先要向孔子牌位行礼，万历三十八年（1610）始建燕居庙，位于依庸堂之北，中有几案，祀孔子神主。“燕居”两字取自《论语》。庙左右各有小室藏书籍及祭器，毁后由高世泰复建。高世泰（1604－1676），字汇旃，晚号石屋遗氓，高攀龙之侄，少侍讲席，学甚该究。崇祯十年（1637）进士，授礼部主事，历至湖北提学佥事。入清不仕，笃守家学，以东林为己任，对书院的修葺、讲学的恢复、祭祀的延续起过重要作用。燕居庙后为三公祠，顺治十二年（1655）高世泰为纪念明代重建东林书院的三位地方官欧阳东凤、林宰、曾樱而设，咸丰年间毁，同治十年（1871）重建。道光年间，为了祭祀自宋以来对东林书院修复、保护、捐助等地方各界人士，又建东林报功祠，由邹鸣鹤撰写碑记，今仍存祠内。再得草庐是高世泰在顺治十一年（1655）所建，他的《东林书院续志》就在草庐里完成。时雨斋为清乾隆二年（1737）金匮知县王允谦建，作为乡邑士子课艺休息处。此斋建后，东林书院开始从讲学向研习八股文转化。晚翠山房原建于清代，为书院讲学书斋之一，1994年在原址重建，今“晚翠山房”旧匾尚存，并有联曰：“茶热酒香客到，月明风细花开。”来复斋始建于崇祯二年（1629），魏阉败亡后，崇祯帝朱由检下令修复，无锡吴桂森得旨后即出资修复书院大门及丽泽堂，并于门上题名“东林精舍”，又于丽泽堂西侧建来复斋三楹，作为自己主讲东林书院时的休憩之所。寻乐处在依庸堂西侧，乾隆二年（1737）金匮知县王允谦修建，并撰有《寻乐斋记》。又有心鉴斋，东林书院书斋之一，为高攀龙门人丹阳周彦文在书院时的住所，周彦文将高攀龙日常论学之语抄录成帙，即于心鉴斋完成。书院内有长廊连接各堂室斋舍，今长廊中置明清至民国有关书院的碑刻二十馀方。

东林讲学之初，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才等人发起东林大会，即所谓“东林八君子”。高攀龙在顾宪成死后主讲东林书院近三十年，在士大夫中声望极高。在讲学中，他们常常触及社会现实问题，议论如何改变政治腐败，减轻人民痛苦。正是在这样的政治环境下，他们把读书、讲学同国事紧紧地联系在一起，作为自己的信仰。东林官员在朝廷上的影响越来越大，逐渐在朝野形成一股具有相同政治理想的政治力量。他们的政治理想，概括起来，大致是要求改变宦官专权乱政局面，主张朝政公议；反对太监到各地疯狂掠夺，主张农商并重，减轻赋税；反对日益严重的科举舞弊行为，主张整顿吏治，遏制越来越严重的政治腐败。这些就是东林党人奋斗的目标，他们的政治活动历经万历、天启、崇祯三朝，长达半个世纪，直至明朝灭亡。

万历帝朱翊钧、泰昌帝朱常洛相继死去后，东林党人因扶立天启帝朱由校有功，颇受重用，朝中出现“东林独盛”的局面，东林党人的部分主张得到贯彻，然而在明朝本身的体制作用下，加上朱由校昏聩无能，把大权交给太监总头目魏忠贤，他可以阅读朝臣的奏章，并代皇帝批答；他可以以皇帝的名义发布命令。他干涉朝政、玩弄权术、培植阉党、“政以贿成”，这是封建专制腐朽本质的集中反映。宦官魏忠贤与外朝反对东林的官员勾结，形成了另一股政治势力。宦官称之为“阉”，阉党的出现，标志着明朝极端恐怖黑暗的时期到来了。  

阉党不仅把朝中东林党人驱逐殆尽，并不断制造冤案，有“六君子案”、“七君子案”，并向天下颁布东林党人的黑名单，即《东林党人榜》，“生者削籍，死者追夺，已经削夺者禁锢”。在大肆捕杀东林党人的同时，天启五年（1625）七月下令拆毁天下书院，北京的首善书院和无锡的东林书院首当其冲。由于已罢职在家高攀龙的维护，仅拆除了依庸堂，但书院讲学已全部停止。一天，高攀龙和叶茂才来到东林书院，不由感慨万千，叶茂才赋诗有曰：“世法递兴还递灭，乾坤不毁只吾心。”高攀龙因此而有《和叶参之过东林废院》十首，其中有一首咏道：“东林廿载各成翁，兴废存亡似梦中。惟有门前杨柳月，清光无恙转春风。”天启六年（1626）二月，阉党又兴大狱，高攀龙投水自尽。四月，魏忠贤矫旨再次拆毁书院。应天巡按徐吉拟成票牌，送达无锡县衙。文曰：“查得常州府无锡县有原设书院一所，拟合亟行拆毁。为此，牌仰该县官吏即便督同地方人等，立即拆毁。拆下木料俱即估价，以凭题解。不许存留片瓦寸椽。限即日具将毁过缘由，星驰申报。”无锡知县吴大朴接票后，即委派吏员匠人前往。被拆除建筑有牌坊门墙一座，两道厅屋三间，川堂三间，讲堂三间，两旁小屋六间，连院田在内，一共变卖价银五百八十一两二钱，照数完库。书院内的道南祠，因是用官资建造，没被拆除，得以保留。

天启七年（1627），朱由校死去，朱由检即位，年号为崇祯，阉党及魏忠贤迅速败亡。崇祯二年（1629）下旨恢复东林书院，然而只有吴桂森出资复建丽泽堂，其他建筑并未重建。清康熙三十三年（1694）才重建依庸堂，至雍正九年（1731），各堂斋遂一一重建，书院面貌焕然一新。嘉庆七年（1802）再次重修书院。

从崇祯初年到清顺治年间，东林书院由吴桂森、高世泰执掌讲席，已完全退居为宁静的学校。由于书院给晚明朝野带来政治纷争，清朝一开始就压制书院，加以严格控制。事实上，东林书院在崇祯年间恢复后，就明确宣布不再议论朝政，“有闻不谈，有问不答”，至而写入书院的条规。对于东林党人的后代和学生来说，明末党祸已是挥之不去的噩梦。清朝统治者虽然表面崇奉东林诸贤，赞扬东林精神，然而在现实中决不允许像东林那样自由讲学。通过政治上的控制，物质上的支持，极力使它官学化。一面颁匾额、赐书籍、给膏火、立学额、定保举，地方大员不时巡察、亲自讲授，另一方面对院长的确定，经费的拨付、讲学内容的审定、考课的批阅、祭祀的安排，乃至日常事务，官府都要过问。到乾隆初年，东林书院已废弃了讲学，专攻八股，与县学已没有什么两样，所不同者，学生层次更低而已。光绪元年（1875），廖纶出任无锡知县，锐意恢复东林讲学，曾在依庸堂推年长者诵读《高子遗书》，但效果极差，“听者漠然如不闻”。记录这段掌故的裘可桴指出：“论者谓清代闭户潜修之士未尝绝也，顾讲学无闻焉。其初因党严禁，不敢与积威抗。及噤闭既久，语言功用亦且丧失，专制之祸烈矣。”东林书院终于与专制王朝一起走到了尽头。

民国以后，东林书院改为东林小学，成为新时代的学校。如今的东林书院，它不但是珍贵的历史文物，同时也是民族文化和民族精神的重要载体，今已列为全国重点文物保护单位。